TL;DR: MEI: DAS fixo R$ 75-181/mês + emissão de NF + INSS. Autônomo (sem CNPJ): 20% INSS sobre rendimento + IRRF + ISS por município. Em quase todo cenário, MEI é mais barato.
Autônomo só vence MEI em casos específicos (rendimento muito baixo e esporádico, sem necessidade de CNPJ).