TL;DR: LTDA é a forma padrão para PMEs (simples, barata, flexível). S/A é necessária para captar publicamente, ter ações negociáveis ou estrutura corporativa robusta. Custo de manutenção da S/A é 5-10x maior.
Para PMEs até 50 mi de faturamento, LTDA. Para captar fundos, abrir capital ou ter governança formal, S/A.