TL;DR: A1: arquivo no computador, validade 1 ano, sem token. A3: cartão/token, validade 3 anos, mais portátil. A1 é mais usado para automação (NF-e, eSocial); A3 para uso pessoal de assinatura.
Empresa com NF-e automatizada: A1. Sócio que assina contratos: A3.